吐鲁番市税务局设有14个内设机构、3个另设机构，级别均为正科级。　

　　(一)内设机构

　　1.办公室（党委办公室）

　　2.法制科

　　3.货物和劳务税科

　　4.企业所得税科

　　5.个人所得税科

　　6.财产和行为税科

　　7.社会保险费

　　8.非税收入科

　　9.收入核算和税收经济分析科

　　10.纳税服务科

　　11.征收管理科

　　12.财务管理科

　　13.督察内审科

　　14.组织人事科

　　(二)另设机构

　　1.党委纪检组

　　机关党委（党建和巡察工作科）

　　3.老干部科